Alates 2005. aastast on Läänemeri esimene mereala, kus on kasutusel mereliikluse reaalajas jälgimise süsteem. Eriti vajalik on see Soome lahes ja Taani väinades, kus liiklustihedus on suurim. Laevaliikluse ohutus on tagatud radarite ja laevade automaatse identifitseerimissüsteemi AIS (ingl automatic identification system) abil.
Tihenenud laevaliiklus soodustab üha sagedasemat uute võõrliikide sissetulekut lahte. Suurte laevade ballastvesi, mida laevad kaugematest meredest peale võtavad ja seejärel siinkandis vabastavad, sisaldab endas paljude organismide pisikesi vastseid. Tehnoloogia areng on loonud kiiremad laevad ja puhtamad ballastveemahutid, mis soodustavad võõrliikide siia jõudmist ka kõige kaugematelt aladelt. Ühel ajahetkel leidub ballastveemahutites umbes 4500 liiki, kusjuures üks laev võib korraga kanda miljardeid pisiorganisme.
Järelkasvu ja leviala kiiresti laiendavaid võõrliike nimetatakse invasiivseteks võõrliikideks ja Soome lahes on nende hulgas näiteks ümarmudil (Neogobius melanostomus), elegantne krevett (Palaemon elegans), vööt-kirpvähk (Gammarus tigrinus) ja vesikirp (Cercopagis pengoi). Loomulikult ei ole kõik Soome lahte sattunud võõrliigid siin edukalt hakkama saanud, kuid mõned üksikud on see-eest kohaliku elanikkonna suhtes vägagi agressiivsed.