Samal ajal teeb suletus Läänemerest unikaalse veekogu – tegemist on maailma suurima riimveelise veekoguga, kus seguneb soolane ja mage vesi. Soome lahes kohtuvad seetõttu ka soolase ja mageda vee elanikud. Siinse soolsusega või pigem magedusega saavad hakkama vaid teatud mereloomad, näiteks söödav-rannakarp (Mytilus trossulus) ja merikilk (Saduria entomon). Ometi on vesi liiga soolane mageveest pärit asunike jaoks, kuid seda taluvad näiteks vesiking ja ahven. Läänemere liigid elavad oma soolsuse taluvuse piirimail, mis muudab nad muutustele tundlikuks.
Peale riimveelise eripära teevad Soome lahe tundlikuks siinsed tihedalt kasutuses olevad laevateed. Laevaliikluse tihenemise tagajärjeks on mereliikluses esinevate õnnetuste sagenemine, sealhulgas nafta sattumine merre. Aasta jooksul kantakse üle Soome lahe 160 miljonit tonni naftat. Eriti ohtlik on naftavedu jääperioodil, kui õnnetuse korral on pea võimatu koristustöid teha ning tundlikud hülged ja arktilised rändlinnud on sel ajal ohus. Soome laht on madal ja sopistunud, mistõttu saab siin õlireostuses kannatada põhjaelustik.